본 학회는 창립 이래 다음과 같은 중점 3대 사업을 추진해 오고 있다.

1. 국제학술대회
1991년 제1회 한·몽 몽골비사 학술 심포지움을 몽골 울란바타르 IAMS(International Association of Mongol Studies)국제 회의실에서 IAMS와 공동으로 개최한 이래 해마다 겨울(서울)과 여름(울란바타르)의 두 차례에 걸쳐 한·몽 국제학술대회를 개최해 왔으며 2004년 1월 31일에 “현대 몽골어연구의 현황과 전망(Ⅰ)”라는 주제로 개최한 제 17회 한·몽 국제학술대회(The 17th International Conference on Mongolian Studies, Seoul, 2004)까지 총 17회에 걸쳐 국제 학술대회를 개최하였다.
초창기 한국과 몽골학자를 중심으로 이뤄졌던 학술대회가 점점 확대 발전되어 한국과 몽골이외에 내몽골, 중국, 일본 등 다양한 외국학자들이 참가하여 몽골학에 관한 다양한 주제로 기조강연 및 논문발표를 통해 명실상부한 국제 학술대회로써의 면모를 갖추고 있다.


2. 하계학술답사
1990년 3월 26일 역사적인 한·몽수교가 이뤄진 이후 자유롭게 몽골지역을 답사할 수 있게 되었다. 1991년 7월 동몽골 수흐바타르 아이막의 다리강가지역 일대 학술답사 실시를 시작으로 해마다 여름에 실시해 오고 있다. 2003년까지 학술답사를 실시했던 지역을 살펴보면 중국 내몽골자치구 후룬·부이르맹 서부지역, 내몽골 흑룡강성 일대, 몽골 서부 헙스걸 호수 지역, 나린텔솜 일대, 고비사막·이르쿠츠크·바이칼호 일대, 하르호린·아르항가이 지역,울란바타르-다르항-에르드네트-헙스걸 등 몽골, 내몽골, 러시아까지 몽골역사의 발자취를 더듬을 수 있는 다양한 지역에서 학술답사를 실시하였으며 최근에는 몽골학 저변의 확대 차원에서 학자들 뿐 만 아니라 몽골에 관심 있는 일반인들을 위한 일정도 마련해 실시하고 있다.


3. 학술총서, 문화총서 발간
본 학회에서는 한·몽 국제학술대회와 하계 정기 학술 답사 등의 다양한 학술활동의 결과물로 「한국몽골학회 학술총서」와 「한국몽골학회 문화총서」시리즈를 기획, 발간하고 있다. 본 학회는 2002년 2월 민속원(대표: 홍기원)과 한국몽골학회 학술총서발간에 대한 계약을 체결하였다. 회원 여러분 중 자신의 옥고를 학술총서로 출간하시고자 하시면 학회로 연락을 주시길 바랍니다. 기존에 출판된 회원들의 연구논저는 재판이나 개정판을 발행할 때 일련번호를 부여할 예정이다. 지금까지 발간한 학술총서를 살펴보면 박원길 부회장의《유라시아 초원제국의 역사와 민속》(학술총서①) 및 《유라시아 초원제국의 샤머니즘》(학술총서③)가 있다. 《유라시아 초원제국의 샤머니즘》은 2002년도 문화관광부 우수학술도서로 선정되기도 하였다. 2003년도에는 김기선 이사의《에스키모와 인디언문화》(학술총서②)를 발간하였고, 2004년에 8월에는 강신 총무이사의 《현대몽골어 연구》(학술총서④)를 발간하여 현재 총 4권을 발간하였다. 또한 「한국몽골학회 문화총서」도 곧 발간할 예정이다.